В начале правления Ахмеда I Османская империя вела одновременно две войны — с Австрией и Ираном.
11 ноября 1606 года с Австрией был подписан Житваторокский мир, согласно которому османы отказывались от требования ежегодной дани с Австрии и признали императорский титул Габсбургов. Это поражение и другие события привели к тому, что авторитет Турции был подорван, и султан Ахмед I решил построить мечеть и таким образом умилостивить Аллаха.
К тому же, турецкие султаны уже в течение сорока лет не возводили ни одной новой мечети. Строительство началось в августе 1609 года, когда султану было 19 лет. Предшественники Ахмеда за строительство мечетей платили тем, что было добыто в ходе войн, но так как Ахмед I не выиграл ни одной значительной войны, ему пришлось использовать деньги из своей сокровищницы.
Организация и описание работ были тщательно записаны в шести томах, которые сейчас хранятся в библиотеке дворца Топкапы. Место было выбрано сразу, поблизости от дворца Топкапы. С целью постройки мечети на площади Ипподрома были разрушены здания как византийского, так и раннеосманского периодов. Среди них были византийский Большой дворец, остатки зрительских мест Ипподрома и множество дворцовых построек, принадлежавших высшей знати.
Архитектор мечети — Седефкар Мехмет Ага, являвшийся учеником и главным помощником архитектора Синана и решивший превзойти своего учителя. Мехмет Ага до выявления архитектурных талантов служил в янычарском полку, где отвечал за сооружения, связанные с водоснабжением.
Архитектура мечети сочетает в себе два стиля — классический османский и византийский. По легенде, султан приказал построить стандартное количество (4) золотых (алтын) минарета, но архитектор что-то напутал и построил шесть (алты) минаретов. Строительство мечети длилось семь лет и было завершено в 1616 году, за год до смерти султана.
Для строительства мечети был использован камень и мрамор. Название «Голубая мечеть» она получила благодаря огромному количеству (более 20 тыс.) белых и голубых изникских керамических изразцов ручной работы, которые использовались в декорациях интерьера. Керамика доставлялась из изникских фабрик, которые славились своим качеством.
Купол и полукупола украшены надписями — сурами из Корана и изречениями пророка Мухаммеда, которые были искусно выполнены Сейидом Касымом Губари из Диярбакыра. Купол опирается на четыре огромные колонны, диаметром по 5 метров. В узорах мечети преобладают растительные мотивы — традиционные тюльпаны, лилии, гвоздики и розы, а также орнаменты различных цветов на белом фоне. Кроме того, было подсчитано, что для узоров керамических плиток было использовано более 50 вариаций изображения тюльпанов. Пол мечети выложен коврами. Внутри мечеть хорошо освещена — свет падает из 260 окон. Первоначально стёкла, использованные для окон, были привезены из Венеции, но позднее были заменены.
Одним из поразительных элементов мечети является михраб — молитвенная ниша, которая вырезана из цельного куска мрамора. На нём установлен чёрный камень, привезённый из Мекки. Рядом с михрабом находится минбар — место имама для чтения проповедей.
