Дворец Топкапы устроен по принципу четырех дворов (авлу), окруженных стеной и разделённых между собой.
Главные ворота — Ворота Повелителя или Баб-ы Хюмаюн ведут в первый двор, в котором находились служебные и подсобные помещения, а также древняя церковь Святой Ирины. Это самый крупный двор из четырех, именуемая Двором Янычар.
Через мраморные Ворота Повелителя въезжали в резиденцию турецкие султаны. Именно отсюда османские падишахи выходили на пятничную молитву в Айя-Софию. Здесь султаны устраивали различные празднества, а также проводили пятничные намазы. Интересно, что только эта часть дворца была открыта для других посетителей: аудиенции падишаха тут ожидали иностранные послы и высокопоставленные государственные деятели. Особо важным гостям даже позволялось въезжать внутрь верхом на коне.
За Воротами Приветствия или Баб-ус-селям (осман. Babü's-selâm), во втором дворе, помещались канцелярия дивана и казна. Здесь находится здание Дивана с Башней Правосудия. При правлении Сулеймана I палата из простой деревянной постройки преобразилась в сооружение, декорированное колоннами, арками, позолоченными решетками и барельефами. В заседании Дивана принимали участие визири, но сам османский падишах в зале отсутствовал. Султан следил за советом из Башни Правосудия, и если он был не согласен с решением чиновников, то закрывал окно, тем самым прерывая собрание и созывая к себе всех министров. Здесь же восьмикупольное здание Внешнего Казначейства, которое функционировало вплоть до середины 19 столетия.
Сегодня оно служит галереей, где экспонируются различные виды оружия. Кроме того в данной части Топкапы расположены строения для прислуги, конюшни султана, хамам, дворцовые кухни и мечеть. В этой же части дворца находится вход в гарем, который в наши дни превратился в отдельный музей. Некогда гарем состоял из четырех секций: первая отводилась евнухам, вторая – наложницам, третья – матери падишаха, а четвертая – самому турецкому правителю. В общей сложности здесь насчитывается до 300 комнат, имеется несколько бань, две мечети и женский госпиталь. Многие комнаты достаточно малы и просты в интерьере, чего не скажешь об именитых покоях Хюррем.
Проходом в третий двор служат Ворота Счастья (или Блаженства) или Баб-ус-саадет (осман. Babü's-saadet). Здесь располагались гарем, шимширлик (дворик самшитовых деревьев и Кафес, где взаперти жили потенциальные наследники престола) и эндерун (внутренние покои). В различных палатах внутренних покоев размещалась школа Эндерун — центр подготовки управленческих кадров. Сразу за вратами раскинулся Тронный зал, где султан вел свои государственные дела и принимал иностранных послов. Примечательно, что в строении имеется сразу две двери: одна была предназначена исключительно для падишаха, вторая – для всех остальных посетителей. В самом центре третьего двора находится Библиотека, которая предназначалась для учеников дворцовой школы, сегодня в Библиотеке экспонируются книги из личных коллекций султанов. Также из сооружений третьей секции отдельно стоит упомянуть сокровищницу, считающуюся одной из старейших построек в Топкапы, Палату сокровищ, некогда ответственную за сохранность всех драгоценностей султана, и Тайный павильон, выступавший личным особняком турецких правителей. Можно отметить и самую крупную дворцовую мечеть Агалар, куда приходил молиться падишах со своими пажами и оруженосцами.
В четвёртом дворе находятся павильоны Реван, Софа и Меджидие, башня Башлала, мечеть Софа, павильон для обрезаний, гардеробная и другие помещения.
